深海藤条基因组学。因为,#darwinday

当达尔文倒下和肮脏时,他在藤内的工作 (1846-1854),大家仍然假设深海没有生命。谢天谢地,他住得很看到这个“azoic”理论被认为是不合适的 挑战者 expedition 在19世纪70年代,在世界见到热门通风口(以及他们的雄序的辉煌)之前,它将是另一个世纪。

Vulcanolepas Osheai,一个围绕水热通风口(来自EOL)的栏杆

Vulcanolepas Osheai,一个围绕水热通风口(来自EOL)的栏杆

如果你’仍然对藤壶持怀疑态度,你必须是一个机器人。 C’周一,看看那件事!如果忍者住在深海,他们将使用这些藤壶作为他们的武器。案例指出:

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藤壶居住在世界各地的水热通风口,有时像每平方米一样密集为1500人。目前,跨4个分类家庭的13种藤壶种。但形态是’伟大的物种,所以近年来,研究人员需要依赖DNA序列来解开深海晶片物种之间的关系。

Herrera等人。 2015年

通风藤壶肯定生活在黄色和蓝色标记的区域– Herrera et al. 2015

在荣誉或达尔文’s birthday today (统称为#darwinday),最合适的海洋生物学致敬是关于深海雄鹿的演变的故事。 Herrera等人。 (2015)有一个最近,真正梦幻般的纸张 分子生态学,他们使用奇特基因组学工具来询问:

  • 排气藤壶有一个进化的起源(例如,他们是否从共同的祖先那里发展)?
  • 排气谷仓何时何地发出?
  • 从历史上看,通风藤壶如何在深海蔓延(辐射)?

Herrera等人。在全球18个水热通风口收集94个栏杆标本(它’真的很难做深海生物学,所以这实际上很多藤壶痛苦地收集了机器人爪子)。接下来,它们从每个人排序三个基因(线粒体 细胞色素C氧化酶1 基因,核28s rRNA基因和核组蛋白 H3 基因),并且使用称为限制性位点相关的DNA测序(RAD-SEQ)的技术另外从每个横腔中获得疯狂的全基因组数据。

 图像

<提示电梯音乐和蒙太奇的基因组数据分析,其中一个看起来一位黑客的科学家坐在黑暗的房间里,疯狂地键入浓缩咖啡的代码和拖放镜头。最后,他/她建立了进化树,辉煌的树木。>

该研究的结果表明,与先前的假设相反,藤壶至少具有殖民地的深海水热通风口 两次 在他们的进化历史过程中。这可以在Herrera等人中恢复的两个不同的片状(红色和黄色)看到。’S系统发育树o’Barnacles:

来自Herrera等人的图2。 (2015)

来自Herrera等人的图2。 (2015)

最大的通风藤壶(Clade A,上面的红木)似乎起源于西太平洋,然后搬到东方,殖民“东太平洋,南海的大西洋部门和印度海洋在后期的中世内到早期的专业”(Herrera等,2015年,使用祖先国家重建来分析系统发育模式)。一旦藤壶采用了水热通道生活方式,它看起来像他们搬到了东方。基于使用DNA序列的分子时钟估计,它们的分散的时序与地质事件(例如德雷克通道的开口)(4100万年前)相辅相成。

bar DNA还表明,热热通风物种最近(井在地质时间)出现,在白垩纪 - 古代族边界期间的深海大众灭绝事件之后出现。那个边界–65 million years ago–应该熟悉。由于恐龙在他们的最后一口气中,深海藤壶开始了他们的提升。

We’刚刚刚刚开始将我们的脚趾浸入深海基因组学的世界。鉴于DNA序列的时代电源,以及水热通风口基本上的事实“islands”在深海(因此为我们提供了完美的系统来测试一些大型进化理论),未来几年应该产生一些真正令人兴奋的深海发现。忘记Hoverboards:如果达尔文来了 回到未来 I’m sure he’d相当有基因组学。

参考 :

Herrera S,Watanabe H,Shank TM(2015) 深海水热通风口的藤壶的进化和生物地图模式分子生态学 ,24:673-689。

 

 

霍莉巴克 ( 160个帖子 )

我是加利福尼亚大学河畔的计算生物学家。我的研究使用DNA测序和基因组学研究海洋生态系统中的微生物真核生物(YEAH,NEMATODES!),重点是深海的进化和生物多样性。我既不能确认也不能否认我喜欢Unix,而不是我喜欢上海。


One Reply to “深海藤条基因组学。因为,#darwinday”

  1. “忘记Hoverboards:如果达尔文回到了未来,我确信他很多是有基因组学。”

    地狱是的,他会!

    快乐的达尔文日!

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